Hier spielen wohl zwei Faktoren eine Rolle:

Jede App unter iOS läuft in einer Sandbox und hat somit auch eine eigene Ordnerstruktur auf dem Telefon. Ein "Feature" von iOS 5 ist, dass es im Falle von Speicherplatzmangel temporäre Daten der installierten Apps löscht, um so wieder Platz zu schaffen. Davor kannst Du Dich als Entwickler aber schützen, indem Du entweder alle Deine Daten in den Ordner legst, der auch gleichzeitig in die iCloud gebackupt (schreckliches Wort ) wird oder Du markierst die Daten, dass Sie nicht gebackupt werden sollen, aber eben auch nicht dem automatischen "Cleanup" von iOS zum Opfer fallen.

Das Backup von Karten in die iCloud will natürlich keiner - von daher gehe ich einfach mal davon aus, dass Skobbler das Kartenmaterial (noch) nicht mit dem "do not back up" Attribute versehen hat (ich lass mich da aber gerne korrigieren )

EDIT:
Auch hier nachzulesen: https://developer.apple.com/icloud/d.../data-storage/